A Pető Intézet a köznevelési területet érintő tevékenysége kapcsán az általa ellátott gyermekek után járó központi költségvetési támogatásait az Emberi Erőforrások Minisztériumától (EMMI) eddig is rendszeresen megkapta és ezután is le tudja hívni. Méltányossági elvek alapján, külön döntéssel az Intézet kiegészítő támogatást is kap köznevelési feladatainak ellátására a tárcától, így egyetlen napra sem marad támogatások nélkül.